Відлік історії Вінницьких Мурів починається 1611 р., коли вінницький староста Валєнти Каліновський надав єзуїтам під будівництво монастиря свою юридику у Вінниці та записав їм розміщені неподалік від міста хутір Кайдачиху і село Казаниху. Отці єзуїти в 1611–1619 рр. провадили у Вінниці лише місіонерську діяльність з метою навернення місцевих православних у католицтво, наїжджаючи з Кам’янця-Подільського. Їхній перший тутешній дерев’яний дім згорів під час міської пожежі 1613 р. Відновив місію Каліновський, який також оточив її частоколом і валами та ніби-то поставив для оборони дві гармати. З 1619 р. єзуїти вже мали в місті постійну резиденцію. У 1630-х рр. вони спорудили кам’яний кляштор, у 30-40-х рр. (до 1645) – костьол. На ренесансну з елементами раннього бароко архітектуру наклала відбиток постійна загроза татарських набігів із близького Дикого Поля та козацьких виступів. Отож єзуїтський комплекс розбудовувався як фортеця, за що й отримав назву «Мури» (від латинського murus – стіна). Значно міцніший від замку, розташованого на острові між Бугом і його рукавом, він приймав у разі небезпеки військові загони, шляхту та городян з їхнім майном.

У 1648 р. єзуїтська твердиня була здобута козаками і під час Хмельниччини зруйнована. Ченці з Товариства Ісуса повернулися до Вінниці після Карловицького миру (1699) і до 1719 р. діяли тут тільки як місіонери. Відбудова комплексу тривала в 1740 –1750-х роках. Тоді ж у ньому з’явилися два нових флігелі, призначені під шляхетський конвікт і класи для провадженого єзуїтами колегіуму.

Ченці з Домініканського ордену з’явилися у Вінниці пізніше за єзуїтів. Рішення перевести їх до Вінниці (з Черленкова) було ухвалено капітулою і затверджено луцьким єпископом 1624 р. Невеликий дерев’яний костьол і кляштор домініканців були збудовані поряд з єзуїтським комплексом 1630 р. коштом Стефана Черленківського і завдяки пожертвам доброчинців. Той домініканський осідок двічі був зруйнований: 1648 р. козаками і татарами та перед 1700 р. – татарами. Після першого розорення його відбудував Стефан Черленківський, після другого – Михайло Калетинський, однак на початку XVIII ст. костьол і кляштор було розібрано. Повернув домініканців до міста брацлавський земський суддя Міхал Ґрохольський, який разом із дружиною Анною з Радзімінських фундував їм муровані будівлі. Костьол і кляштор розмістилися трохи вище, ніж раніше, однак у межах давнього комплексу. Будівництво тривало в 1750–1758 рр. (за деякими джерелами, в 1758–1760 рр.).

Єзуїтські Мури після скасування Товариства Ісуса (1773) надалі займали важливе місце в житті міста, приймаючи в різний час під своїм дахом державні органи влади, суд, казначейство, тюрму, військові частини і склади, госпіталь, пожежну команду, Казанську церкву, міську богадільню і ломбард, друкарню міського управління і редакцію газети «Юго-Западный край». Найбільше ж вони записалися в дореволюційну історію Вінниці як місце розташування навчальних закладів – єзуїтської школи, підокружної (з 1776), а потім окружної (з 1785) школи відання польської Комісії національної освіти, повітової школи (1799–1814), польської гімназії (1814–1831) та трьох російських гімназій – двох чоловічих (1832–1847, 1907–1919) і жіночої (з 1912).

Після революції давній чернечий комплекс став одним з головних центрів наукового й освітнього, культурного й духовного життя Вінниці. На його території розміщувалися, зокрема, Вінницька філія Всенародної бібліотеки України при ВУАН (1920–1930), педагогічний інститут (1932–1943; тричі перейменовувався), Українська православна автокефальна церква (1923–1938, 1942–1943). Записані Мури і в історію спортивного товариства «Динамо» (йдеться про 1950–1973 рр.). Сьогодні в древніх стінах сусідять Державний архів Вінницької області (з 1920), обласні краєзнавчий (з 1929) і художній музеї (з 1987), технічний ліцей (з 1993).

Домініканський монастир після польського національно-визвольного повстання 1830–1831 рр. було скасовано, а будівлі передано православному духовенству. Відтак костьол перетворено на православний храм, освячений у 1833 р. як Свято-Преображенський. У радянський час його двічі закривали – в 1930 р., коли храм перетворили на гумовий склад, і в 1962 р., коли в ньому влаштували спортзал товариства «Динамо». У 1980-х роках у храмі була облаштована зала органної та камерної музики. З 1990 р. він належить Православній Церкві Московського патріархату і є кафедральним собором Вінницької єпархії.

Мури – давні єзуїтські і домініканські будівлі – сиві свідки визначних історичних подій, переживши повстання, революції і війни, частково зруйновані і перебудовані, є справжньою перлиною Вінниці.