Природні умови цих фізико-географічних областей помітно відрізняються між собою. До особливостей природи Подільського Побужжя слід віднести своєрідний яро-балочний рельєф, підвищену порівняно з сусідніми областями вологість клімату. Основний тип рослинності тут ліси, в яких водяться різноманітні тварини, характерні для всієї лісостепової зони: козулі, зайці, чаплі. Поширена на Побужжі водно-болотна рослинність, яка представлена гербарієм в турнікетах.

Дуже своєрідна природа Придністровсько-Подільської фізико-географічної області. Рельєф тут нагадує гірський: на багато кілометрів тягнуться скелясті міжгір’я з крутими схилами. Клімат характеризується підвищеною температурою зими і літа, меншою кількістю опадів, ніж на Побужжі.

В природному рослинному покриві значну територію займає степова рослинність, представлена гербарієм. Значний відсоток культурної рослинності складають сади і виноградники. В минулому тваринний світ Придністров’я характеризувався видами, які не зустрічаються в сусідніх областях. Так на крутих схилах над обривами біля Дністра і його притоків гніздився дуже рідкісний птах – сип білоголовий. Опудало цього птаха, що виготовлено в 1923 році, демонструється в експозиції.

Зоогеографічна карта Вінницької області дає уявлення про особливості поширення деяких видів тварин.