На початку ХХ ст. на деяких поселеннях були проведені перші археологічні розкопки. Вивченням пам'яток трипільської культури на Вінниччині в різний час займалися М.Ф. Біляшівський, С.С. Гамченко, С.М. Бібіков, Т.С. Пассек, В.Г. Збенович, В.О. Круц, Т.Г. Мовша, О.В. Цвек, А.Г. Корвін-Піотровський, В.А. Косаківський, С.О. Гусєв. Більше 150 трипільських поселень було відкрито завдяки археологічним розвідкам, які проводив впродовж 1950-1980-х років П.І. Хавлюк, історик, археолог, доцент Вінницького державного педагогічного університету ім. М.Коцюбинського (далі ВДПУ). Понад 30 років присвятив вивченню трипільських пам'яток на Поділлі І.І. Заєць - директор Вінницького обласного краєзнавчого музею (далі ВОКМ) у 1963-1977 роках, професор, викладач ВДПУ. Матеріали його досліджень становлять сьогодні основу музейної археологічної збірки даного періоду.
Нині на теренах Вінницької області виявлено 381 поселення періоду Трипілля, датовані IV-ІІІ тис. до н.е. Однак, розкопки незначного обсягу проводились лише на 33 пам'ятках, а систематичні археологічні дослідження велися на 3 (!) поселеннях.
Найбільшу кількість пам'яток (59) виявлено на території Немирівського району. Перші археологічні розвідки на теренах району проводив у 1909-1913 роках С.С. Гамченко. У 1940-1950-тих роках розвідувальні роботи на деяких поселеннях велись Південно-Подільською археологічною експедицією під керівництвом М.І. Артамонова. З середини 1950-тих років тривало обстеження трипільських пам'яток археологічною експедицією під керівництвом П.І. Хавлюка. Стаціонарні розкопки проводились лише на поселенні поблизу Немирова, яке розташоване на одному з пагорбів відомого скіфського городища. Археологічні дослідження пам'ятки у різні роки проводились С.С. Гамченко (1909 р.), М.І. Артамоновим (1946-1947 рр.), С.О. Гусєвим (1990-1991 р.), в результаті яких виявлено 20 жител (розкопано 2 житла). Знахідки з розкопок зберігаються у фондах Ермітажу (Санки-Петербург, Росія) та Інституті археології Національної Академії наук України (далі - ІН НАНУ).
28 поселень виявлено на території Іллінецького району, 26 з яких були відкриті у 1950-1980 роках в результаті розвідувальних робіт експедиції Вінницького державного педінституту ім. Островського (далі - ВДПІ) під керівництвом П.І. Хавлюка. Стаціонарні польові дослідження проводились на 4 поселеннях, серед яких найбільш відомим є Борисівка, відкрите у 1904-1905 роках академіком М.Б. Біляшівським. У 1925 році на пам'ятці були проведені перші археологічні розкопки, де на площі 250 м було відкрито 5 землянок. Поселення досліджувалось Т.С. Пассек у 1948 році та експедицією Вінницького краєзнавчого музею під керівництвом І.І. Зайця у 1969 та 1976 роках. Невеликі охоронні розкопки проводились експедицією ВДПІ на поселеннях поблизу с. Сороки (1963 р.) та с. Уланівки (1972 р.), в результаті яких на кожному з них розкопано по кілька жител-напівземлянок. Неодноразові розвідувальні роботи велись на поселенні Вербівка І. У 1954 році експедицією ВДПІ тут були проведені незначні розкопки. Частина матеріалу з досліджених пам'яток зберігається у фондах Вінницького обласного краєзнавчого музею (далі - ВОКМ) та Вінницького державного педагогічного університету (далі - ВДПУ).
З 26 поселень, відкритих на території Літинського району, часткові розкопки проводились на 3 пам'ятках. Більшість поселень були виявленні в результаті цілеспрямованих археологічних розвідок, які проводили впродовж 1980-х років П.І. Хавлюк та В.Д. Гопак. Обстеження деяких поселень на початку 1990-х років проводив С.О. Гусєв. Тоді ж були проведені невеликі стаціонарні роботи на пам'ятках поблизу с. Білозірки (розкопано залишки 1 житла і господарчої ями), с. Сосни (досліджено 2 землянки) та с. Городища. Матеріали з досліджених пам'яток зберігаються у фондах ВОКМ та Літинського краєзнавчого музею.
23 поселення виявлено на теренах Вінницького району. Дві пам'ятки відкрито на території м. Вінниці - в районі психоневрологічної лікарні ім. Ющенка та на Замковій горі. Перші археологічні розвідки в районі проводились у другій половині 1940-х років Південно-Подільською археологічною експедицією під керівництвом М.І. Артамонова. Систематичні розвідки на теренах району, проведені впродовж 1950-1980-х років П.І. Хавлюком, були доповнені дослідженнями В.Д. Гопака, І.І. Зайця та місцевих краєзнавців. Поселення в районі лікарні ім. Ющенка (м. Вінниці) було відкрито у 1942 році офіцером німецької армії К.Раддатцом. Віднайдений на пам'ятці матеріал не зберігся. Археологічні розкопки проводились у 1975 році на поселенні Цвіжин (експедиція під керівництвом І.І. Зайця), в результаті яких досліджено 1 житло-напівземлянку. Незначні розкопки проводились у Вінниці на поселенні трипільської культури під час дослідження Замкової гори експедицією ІА НАНУ під керівництвом Л.І. Виногродської (2004-2005 рр.). Більшість матеріалу з досліджених пам'яток зберігається у фондах ВОКМ.
Археологічна карта Гайсинського району нараховує 24 поселення періоду Трипілля, майже всі відкриті в результаті археологічних розвідок, проведених у 1950-1960-х роках П.І. Хавлюком. У 1950-х роках обстеження в районі вела експедиція під керівництвом В.М. Даниленка. Незначні стаціонарні роботи проводились на 2 поселеннях - Рахни Собові, досліджені у 1970 році експедицією під керівництвом П.І. Хавлюка (розкопано 1 житло-землянку), та Харпачка, де невеликі дослідження у 1963 році велись експедицією ІА АН УРСР під керівництвом М.Л. Макаревича. Матеріали з пам'яток зберігаються у фондах ІА НАНУ та ВОКМ.
23 поселення зафіксовано на території Могилів-Подільського району. Археологічні обстеження району в різні часи велись Південно-Подільською експедицією Ленінградського відділення ІА АН СРСР під керівництвом М.І. Артамонова (1946-48 рр.), Середньо-Дністровською експедицією під керівництвом С.М. Бібікова (кінець 1960-х - поч. 1970-х рр.), Дністровською експедицією під керівництвом В.Г. Збеновича (поч.-сер. 1970-х років). Стаціонарні розкопки проводились на 4 пам'ятках, серед яких - два поселення поблизу с. Бернашівки, відкриті й обстежені впродовж 1969-1970 років археологічною експедицією під керівництвом С.М. Бібікова. Одне з селищ вважається найбільш раннім трипільським поселенням на території України і датується поч. - першою пол. IV тис. до н.е. Стаціонарні роботи на пам'ятці проводились у 1972-1975 роках В.Г. Збеновичем, під час яких розкопано 6 жител. Незначна кількість матеріалу з розкопок зберігається у фондах ВОКМ. Друге поселення досліджувалось експедицією Кам'янець-Подільського педагогічного інституту під керівництвом І.С. Винокура (1978 р., 1987 р.) та експедицією ІА НАНУ під керівництвом О.Корвін-Піотровського (1991 р.). Матеріали з розкопок зберігаються у фондах Кам'янець-Подільського педагогічного інституту та ІА НАНУ. Незначні археологічні дослідження проводились у 1948-1949 роках М.І. Артамоновим на поселенні Нижній Ольчедаїв (матеріали у фондах Ермітажу) та у 1985 році В.Г. Збеновичем на поселенні Липчани ІІ, де було розкопане 1 житло.
21 пам'ятку періоду Трипілля нараховує археологічна карта Тиврівського району. Більшість поселень були відкриті впродовж 1981-1988-х років в результаті археологічних розвідок П.І. Хавлюка. На двох пам'ятках проводились цілеспрямовані широкомасштабні археологічні роботи. Це поселення Ворошилівка, відкрите у 1947 році Верхньобузькою археологічною експедицією під керівництвом Д.І. Березовця та повторно обстежене у 1948 році Південно-Подільською археологічною експедицією під керівництвом М.І. Артамонова. У 1975 році експедицією ВОКМ під керівництвом І.І. Зайця були розпочаті систематичні розкопки поселення, які тривали до початку 1990-х років. На поселенні Кліщів, відкритому у 1958 році П.І. Хавлюком, систематичні розкопки проводились у 1969-1982 роках під керівництвом І.І. Зайця, в результаті яких досліджено 16 жител. Більшість матеріалу з розкопок експонується у ВОКМ.
У 1970-х роках археологічною експедицією під керівництвом І.І. Зайця велись незначні стаціонарні роботи на пам'ятці поблизу м. Тростянця, в результаті яких досліджено 3 житла. Часткові розкопки були проведені на поселенні трипільської культури біля Селища. Пам'ятка відкрита у 1946 році М.І. Артамоновим, повторно обстежена у 1947 році археологічною експедицією під керівництвом Д.І. Березовця. У 2007 році, під час дослідження оборонної башти ХVІ-ХVІІІ ст. експедицією ІА НАНУ під керівництвом Л.І. Виногродської, на трипільському поселенні були проведенні стаціонарні археологічні роботи. Матеріал знаходиться на камеральному опрацюванні в ІА НАНУ.
На теренах Ямпільського району на сьогодні відомо 19 пам'яток періоду Трипілля. Частина поселень була відкрита впродовж 1995-2000 років у результаті археологічних розвідок М.В. Потупчика. Розвідувальні роботи в районі в різні часи проводили також М.І. Артамонов (1953 р.) і І.С. Винокур (1987 р.). Стаціонарні дослідження велись на поселені трипільської культури на території Державного історико-культурного заповідника "Буша" (с. Буша). Перші розкопки були проведенні у 2005 році експедицією ІА НАН України під керівництвом С.Н. Рижова, у 2007 році археологічні польові дослідження продовжила експедиція ВДПУ під керівництвом В.А. Косаківського. Матеріал з розкопок зберігається в музеї заповідника.
На території Шаргородщини нараховується 18 поселень доби енеоліту, більшість з яких відкриті археологічними розвідками П.І. Хавлюка у другій половині 1980-х років. Розвідувальні роботи на теренах району проводили також І.І. Заєць (1975 р.), М.Є. Левада (1997 р.), С.О. Гусєв (1999 р.). Жодна пам'ятка не розкопувалась.
Археологічна карта Жмеринського району нараховує 15 поселень періоду Трипілля. Археологічні пошукові роботи тут впродовж 1970-1980-х років проводили І.І. Заєць, П.І. Хавлюк, М.В. Потупчик, М.Є. Левада. Розкопки незначного обсягу велись у 1976 році на поселенні біля с. Біликівці (експедиція ВОКМ під керівництвом І.І. Зайця), під час яких досліджено 1 заглиблене житло. Матеріал з розкопок зберігається у фондах ВОКМ.
14 трипільських поселень виявлено на території Крижопільського району. Археологічні розвідки на більшості пам'ятках проводили В.Т. Загоруйко (1993 р.), М.В. Потупчик і М.Є. Левада (1996 р.). Жодне поселення не розкопувалось.
Серед дослідників Тульчинського району - М.І. Артамонов (1947-48 рр.), П.І. Хавлюк (1956-82 рр.), працівники Тульчинського краєзнавчого музею. На теренах району виявлено 12 пам'яток періоду Трипілля, проте археологічні розкопки проводились лише на одному поселенні поблизу с. Печери. Пам'ятка відкрита у другій половині 1930-х років місцевим краєзнавцем Ф.Д. Петрунею. У 1947-1948 роках незначні дослідження тут проводились Південно-Подільською археологічною експедицією під керівництвом М.І. Артамонова (розкопано 1 житло). Знахідки зберігаються у фондах Ермітажу та Одеського археологічного музею.
Археологічну карту Вінниччини доповнюють 10 трипільських поселень, відкриті на теренах Чечельницького району. Археологічні розвідки в районі проводив С.С. Гамченко (1903-09 рр.), М.Л. Макаревич (1928 р.), І.Ч. Зборовський (1929 р.), В.О. Косаківський (1977-2001 р.) та місцеві краєзнавці. Незначні розкопки проводились на 4 поселеннях, серед яких - пам'ятка біля смт Чечельника. Поселення відкрите у 1983 році В.А. Косаківським і досліджуване ним впродовж 10 років. У 1990-1991 роках були проведені розкопки 1 житла.
У 1928 році стаціонарні роботи незначного обсягу проводились М.Л. Макаревичем на поселеннях Білий Камінь та Рогізка (обидві пам'ятки відкриті у 1909 році С.С. Гамченком). Матеріал з розкопок зберігається в Національному історичному музеї України (м. Київ). Археологічні польові дослідження велися також на поселенні поблизу с. Луги, відкритому у середині 1980-х років місцевим краєзнавцем. У 1987 році тут були проведені розкопки одного наземного житла. У 2001 році поселення досліджував В.А. Косаківський. Знахідки зберігаються в сільському музеї с. Луги.
На території Томашпільського району нараховується 11 трипільських поселень, однак розкопки проводились на 2 пам'ятках поблизу с. Стіна (Стіна І та Стіна ІV). Поселення Стіна І відкрите у 1929 році С.С. Гамченком. У 1958 році експедицією ІА АН УРСР під керівництвом М.Л. Макаревича тут були проведені стаціонарні археологічні роботи. У тому ж році досліджено 2 наземних житла на поселенні Стіна ІV. Частина матеріалу знаходиться в фондах Національного історичного музею України.
По 9 поселень доби енеоліту виявлено на теренах Барського, Калиновського, Муровано-Куриловецького та Хмільницького районів. Розвідувальні роботи на території Барського району проводились впродовж 1960-1990-х років П.І. Хавлюком, В.Д. Гопаком, І.І. Зайцем, С. М. Рижовим, Б.В. Магомедовим, Б.І. Лобаєм. Археологічні розкопки велись на 2 пам'ятках, серед яких - Ялтушків, одне з найбільших трипільських поселень у Придністров'ї. Відкрита пам'ятка у 1966 році В.Д. Гопаком, досліджувалась С.М. Рижовим, В.О. Шумовою у 1978, 1983 та 1993 роках, в результаті чого розкопано 2 наземних житла. Матеріали зберігаються у фондах ВОКМ та Вінницького обласного художнього музею. Археологічні роботи проводились на поселенні поблизу с. Ходаки (розкопано 1 наземну будівлю). Пам'ятка відкрита і досліджена у 1982 році Вінницьким загоном Лісостепової експедиції за участю Б.В, Магомедова, С.М, Рижова, Б.І. Лобая.
Розвідувальні роботи на теренах Калинівського району проводили у 1950-1980-х роках П.І. Хавлюк і В.Д. Гопак. Жодна пам'ятка не розкопувалась.
Муровано-Куриловецький район неодноразово досліджувався археологічними експедиціями під керівництвом М.І. Артамонова (1946-1948 рр.), С.М. Бібікова (1968-1969 рр.). У 1995 році археологічні обстеження в районі проводила експедиція ІА НАНУ та ВДПІ під керівництвом О.Г. Корвін-Піотровського та С.О. Гусєва. Розкопки на поселеннях не проводились.
Розвідувальні роботи на теренах Хмільницького району велись у 1947-1950-х роках Верхньобузькою археологічною експедицією ІА АН УРСР під керівництвом О.Ф. Лагодовської та впродовж 1980-х років експедицією ВДПІ під керівництвом П.І. Хавлюка і С.О. Гусєва. Стаціонарні роботи проходили на поселенні Сандраки (ур. "Пагурок"), відкритому у 1947 році і дослідженому впродовж 1949-1950 роках експедицією ІА АН УРСР під керівництвом О.Ф. Лагодовської. Розкопки велись на площі 120 м, на якій досліджено 1 житлово-господарчий комплекс і 5 господарських ям.
На теренах Липовецького району, в результаті розвідок П.І. Хавлюка, проведених впродовж 1955-1988 роках, виявлено 7 трипільських поселень. Жодна пам'ятка не розкопувалась.
Стільки ж поселень відкрито на території Бершадського району. Більшість пам'яток були виявлені С.С. Гамченком впродовж 1909-1913 років. У першій половині 1960-х років розвідки проводив В.Д. Гопак та експедиція ІА АН УРСР під керівництвом В.М. Даниленка. Розкопки незначного обсягу були проведенні В.М. Даниленком у 1960-1961 роках на поселенні Чернятка, в результаті яких розкопано площу понад 300 м.
6 поселень виявлено в Тростянецькому районі, де у 1959-1966 роках розвідки проводив П.І. Хавлюк. Розкопки проводились на 2 пам'ятках. У 1978 році стаціонарні польові роботи під керівництвом І.І. Зайця проводились на поселенні поблизу Ладижина - досліджено 1 наземне житло. У 1988-1989 роках експедицією під керівництвом О.В. Цвек проводились археологічні дослідження поселення поблизу с. Тростянчика - розкопано 2 будівлі, у тому числі гончарну майстерню з піччю для випалу кераміки.
По 5 енеолітичних поселень відкрито на теренах Погребищенського і Чернівецького районів, де розвідувальні роботи велися Т. Мовчанівським (1927 р.), П.І. Хавлюком (кінець 1980-х років), М.Є. Левадою (1997 р.). Невеликі археологічні дослідження проводились експедицією Бердичівського музею під керівництвом Т.Мовчанівського на поселені Плисків Погребищенського району. Частина знахідок зберігається у фондах Національного музею історії України.
В Козятинському районі виявлено 4 пам'ятки періоду Трипілля. Розвідувальні роботи тут проводились Верхньо-Тетерівською археологічною експедицією під керівництвом Р.І. Виєзжевої (1949 р.) та місцевим краєзнавцем Л.І. Кучугурою (1992 р.). Розкопки в районі не проводились.
На території Теплицького району знаходяться 3 поселення, виявлені розвідками П.І. Хавлюка та місцевих краєзнавців. Археологічна карта Піщанського району нараховує 2 трипільських поселення, відкриті І.Ч. .Зборовським у 1929 році. В Оратівському районі відоме лише 1 поселення, виявлене П.І. Хавлюком у 1984 році. На жодній пам'ятці археологічні розкопки не проводились.